1、菌肥见效慢，没有实质作用

菌肥能改良土壤环境，降解土壤污染，从根源处上解决土壤长期板结、肥力下降、土壤污染导致作物生长不良、各种土传病害浸染的问题。

但菌肥中有益微生物发挥效力需要一定的环境条件，选择正确的方法，合适的时间、用量，避免不合理的混用，菌肥的效果才能发挥到最好！ 

2、菌肥可完全取代化肥、有机肥

菌肥可以释放土壤中营养元素，提升土壤肥力，大大减少化肥和有机肥的施用量，但并不能完全代替化肥、有机肥，它的肥力是有限的，还需化肥和有机肥来补充。三者结合，能取得更好的效果。

3、菌肥不能同化肥、有机肥一起用

菌肥可以和化肥、有机肥一起用，但是不是同一时间混用，在时间上前后分开为好。

菌肥和有机肥配合使用，可以增加有机肥的肥效。化肥中的某些元素在土壤中很容易被固定，菌肥中的有效活菌可活化这一部分元素，促进植物的吸收。

另外，高浓度的水溶性化肥对菌肥中的活菌是有溶解作用的，一定要注意分开施用。