微生物菌肥主要有三种：微生物接种剂（微生物菌剂）：活菌+载体；复合微生物肥料：活菌+化肥；生物有机肥：活菌+有机肥（包装）。
1、按功能特性：
可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
2、产品按剂型：
可分为液体、粉剂、颗粒型。